Fundacja Agory powstała w październiku 2004 r. Od 2005 r. ma status organizacji pożytku publicznego (OPP).
Od roku 2017 jest jest członkiem EPP (European Press Prize).
W ostatnich latach działalności Fundacji Agory koncentruje się na współorganizowaniu i finansowaniu akcji społecznych inicjowanych przez "Gazetę Wyborczą" a także organizuje własne i prowadzi je z innymi organizacjami pozarządowymi. Akcje te finansowane są z corocznej zbiórki 1 proc. odpisu podatkowego, na którą utworzone zostało w Fundacji specjalne subkonto. Znane akcje Fundacji, to "Rodzić po ludzku", "Umierać po ludzku", "My narkopolacy", kilka odsłon projektu "Szkoła z klasą". Fundacja współpracowała z wieloma organizacjami pozarządowymi, prowadziła m.in wspólne programy stypendialne z Akademią Rozwoju Filantropii, współpracowała również Fundacją Szkoła Wajdy i Fundacją Batorego.
Fundacja Agory skupia uwagę na najbardziej potrzebujących. W okresie pandemii z Wydawnictwem Agora, realizowała projekt "Nadzieja" dzięki któremu do kilkudziesięciu domów opieki, hospicjów trafiła pomoc finansowa.
Od 2017 r. 1 proc. odpisu podatkowego zbieraliśmy, na działania związane z opieką nad starszymi osobami pt. "Po starej znajomości - pomóż swoim rodzicom" a od 2019 dodatkowo na akcję na rzecz dorosłych osób z niepełnosprawnościami "Różni ludzie - jeden Świat" i inne akcje społeczne.
Od lat Agora, a potem Fundacja Agory, wspierała finansowo i organizacyjnie kwartalnik "Zeszyty Literackie". Jesteśmy dumni z naszego wkładu w istnienie tak wybitnego pisma.
Fundacja również przez lata wspierała organizacje specjalizujące się w niesieniu pomocy ciężko chorym i niepełnosprawnym dzieciom oraz prowadziła wspólnie z innymi organizacjami pozarządowymi programy stypendialne dla dzieci i studentów.
Niestety w roku 2018 Fundacja zmuszona była radykalnie zmniejszyć swoje wydatki. Z licznych programów, w których uczestniczyła, pozostawia jedynie Nagrodę Literacką "Nike" oraz akcje społeczne. "Zeszyty Literackie" były finansowane do września 2018 r.
Na zlecenie Fundacji publikowane będą nadal w mediach Agory ogłoszenia charytatywne współpracujących z nią fundacji o zbiórkach dla ciężko chorych i niepełnosprawnych dzieci.
Fundacja nie wspomaga indywidualnie osób fizycznych, za wyjątkiem nadzwyczajnych zbiórek pieniężnych na udostępnione konto, a także współpracuje z Organizacjami Pożytku Publicznego które świadczą pomoc bezpośrednią.
Źródłem przychodów Fundacji są darowizny z Agory Holding, zbiórki odpisów podatkowych na 1 proc. oraz darowizny osób indywidualnych.