Fundacja Agory powstała w październiku 2004 r. Od 2005 r. ma status organizacji pożytku publicznego (OPP).
Od roku 2017 jest jest członkiem EPP (European Press Prize).
W ostatnich latach działalności Fundacji Agory koncentruje się na współorganizowaniu i finansowaniu akcji społecznych inicjowanych przez "Gazetę Wyborczą" a także organizuje własne i prowadzi je z innymi organizacjami pozarządowymi. Akcje te finansowane są z corocznej zbiórki 1 proc. odpisu podatkowego, na którą utworzone zostało w Fundacji specjalne subkonto. Znane akcje Fundacji, to "Rodzić po ludzku", "Umierać po ludzku", "My narkopolacy", kilka odsłon projektu "Szkoła z klasą". Fundacja współpracowała z wieloma organizacjami pozarządowymi, prowadziła m.in wspólne programy stypendialne z Akademią Rozwoju Filantropii, współpracowała również Fundacją Szkoła Wajdy i Fundacją Batorego.
Fundacja Agory skupia uwagę na najbardziej potrzebujących. W okresie pandemii z Wydawnictwem Agora, realizowała projekt "Nadzieja" dzięki któremu do kilkudziesięciu domów opieki, hospicjów trafiła pomoc finansowa.
Od 2017 r. 1 proc. odpisu podatkowego zbieraliśmy, na działania związane z opieką nad starszymi osobami pt. "Po starej znajomości - pomóż swoim rodzicom" a od 2019 dodatkowo na akcję na rzecz dorosłych osób z niepełnosprawnościami "Różni ludzie - jeden Świat" i inne akcje społeczne.
Od lat Agora, a potem Fundacja Agory, wspierała finansowo i organizacyjnie kwartalnik "Zeszyty Literackie". Jesteśmy dumni z naszego wkładu w istnienie tak wybitnego pisma.
Fundacja również przez lata wspierała organizacje specjalizujące się w niesieniu pomocy ciężko chorym i niepełnosprawnym dzieciom oraz prowadziła wspólnie z innymi organizacjami pozarządowymi programy stypendialne dla dzieci i studentów.
Niestety w roku 2018 Fundacja zmuszona była radykalnie zmniejszyć swoje wydatki. Z licznych programów, w których uczestniczyła, pozostawia jedynie Nagrodę Literacką "Nike" oraz akcje społeczne. "Zeszyty Literackie" były finansowane do września 2018 r.
Fundacja nie wspomaga indywidualnie osób fizycznych, za wyjątkiem nadzwyczajnych zbiórek pieniężnych na udostępnione konto, a także współpracuje z Organizacjami Pożytku Publicznego które świadczą pomoc bezpośrednią.
Źródłem przychodów Fundacji są darowizny z Agory Holding, zbiórki odpisów podatkowych na 1 proc. oraz darowizny osób indywidualnych.